La Facultad de Bioquímica, Química y Farmacia nace con la Universidad el día 19 de mayo de 1914 cuando se crea la "Escuela de Farmacia" por un proyecto presentado ante el H. Consejo Superior por el Consejero Dr. Estergidio de la Vega, a quien se le encomienda su organización y dirección. Contaba con un plan de tres años de estudios sobre la base de Institutos Científicos y Pedagógicos que ya existían en la Provincia. Comenzó con un total de 81 alumnos inscriptos, de los cuales egresaron 9 farmacéuticos. En 1922, al nacionalizarse la Universidad, la Escuela fue transformada en "Facultad de Farmacia e Higiene Subtropical" que tendría a su cargo la preparación de Farmacéuticos y Auxiliares de Farmacia para coadyuvar en la campaña contra las enfermedades de la región. En ese año el Dr. Fidel Zelada es designado el primer Decano de la Facultad. En 1923 pasó a ser "Facultad de Farmacia y Química"; en 1925 retornó a su condición de Escuela y en 1926 se le dio el nombre de "Facultad de Farmacia e Higiene". El Dr. Zelada se desempeñó por varios períodos consecutivos, hasta que, en 1929, fue reemplazado por el Prof. José Villafañe (decano electo), y éste a su vez en 1930 por el Dr. Alejandro Pérez. En 1937 resulta Decano electo el Farm. Ramón Juárez. En 1938, con la creación del Doctorado en Bioquímica, cambió la denominación por la de "Facultad de Farmacia y Bioquímica".
El Dr. Alejandro Pérez, Decano de la Facultad es elegido Rector (ejerce ambas funciones 1940-43) y el Dr. Osvaldo Fonio es designado para organizar la Facultad. Se crea la carrera de Bioquímica cuyo Plan de estudios exige 6 años de estudios (29 asignaturas).
En 1948 se crea la "Facultad de Ciencias Biológicas" dependiendo de ella la Escuela de Farmacia y la Escuela de Bioquímica. Se organiza la facultad en Institutos, para de esa manera facilitar la investigación científica con la función de crear y aprender. Comprende 6 Departamentos que incluyen en total 12 Institutos.
En 1952 se dispone el dictado de la carrera de Licenciatura en Química a su vez se modificaron los planes de estudio de Farmacia y de Bioquímica y se reglamentan los doctorados.
Durante el gobierno del Rector Virla se inicia una intensa obra de reestructuración. La población estudiantil de esta Facultad es de 675 alumnos. Comienza a dictarse la carrera de Ingeniería Azucarera desde el Instituto de Investigaciones Azucareras, el cual formó parte de esta casa.
Corriendo el año 1961 se modifican los Planes de estudios de Bioquímica, Farmacia e Ingeniería Azucarera. Se encuentran finalizadas las tramitaciones de concursos para dotar a las cátedras de profesores titulares y asistentes. Se contratan profesores para dotar a disciplinas de equipos de investigadores. La planta docente está integrada por 114 profesionales. Se cuenta con los primeros investigadores de la Facultad incorporados a la Carrera del Investigador Científico del CONICET.
A partir de 1966 comienzan los convenios especiales (CONICET – FECIC) lo que facilitan la creación de los Institutos de Investigación para universitarios (CERELA, PROIMI y CIRPON) que se constituyen con los cuadros científicos y docentes de la Facultad de Bioquímica y otras. En 1970 se pone en vigencia un nuevo Plan de estudios para las tres carreras que se dictan en la Facultad. Farmacia incluía 22 materias, Bioquímica 27 y la Licenciatura en Química 28 materias.
En 1980 se crea el Laboratorio de Microscopía Electrónica del NOA (LAMENOA) con aportes de la UNT y el CONICET. A partir de agosto de 1982 se implementa el dictado del Curso de Post-Grado de Microbiología Superior.
En 1988 se crea el Laboratorio de Patología Molecular (LAPAM) para la detección de grupos de alto riesgo de desarrollar o portar tumores malignos mediante convenio entre la UNT, la Provincia y la Municipalidad de Tucumán.
En 1990 se crea el Centro de Elaboración y Estudios Farmacéuticos.
A partir de 1998, se pone en vigencia la Carrera de Licenciatura en Biotecnología agregando así una nueva carrera en la oferta académica de la Facultad de Bioquímica, Química y Farmacia de la Universidad Nacional de Tucumán.